Aunque ambos son guerreros y pueden paracer similares, la verdad es que difieren en muchas cosas. Ambos tuvieron un papel fundamental durante las guerras que formaron lo que hoy conocemos como Japón.

Ambos tienen un origen común, la historia del principe Yamato. «El príncipe Yamato, se disfrazó de mujer y fue capaz de atraer a dos hombres lo suficiente como para que bajaran la guardia. Una vez que se sintieron cómodos, Yamato asesinó a los hombres con una espada».

Los guerreros samurái (Kanji[侍], Hiragana [さむらい]) formaban parte de la clase alta (de la élite) desarrollada entre el ejército japonés a mediados del 794 d.C. Estos hombres estaban por encima de todos los otros guerreros de la milicia japonesa. La causa de esa consideración fue la promulgación y aplicación de un alto código de honor llamado Bushido (El camino del guerrero), el cual hacia de los samurái guerreros totalmente leales y honorables hasta la muerte misma.

El ninja (Kanji[忍者], Hiragana [にんじゃ]) es un mercenario de clase baja que se dedicaban a prestar sus servicios a cualquier persona que pudiera contratarlos, por esto su mala fama en muchas historias.

Tanto los samuráis como los ninjas eran expertos en el uso de diferentes armas japonesas. El guerrero samurái era experto en el uso de la lanza, arco y la espada.

Los ninjas tenían un arma especial para sus ataques: la estrella ninja. Solían usar esta arma porque no eran enviados para el combate cuerpo a cuerpo,cumplían con sus funciones en secreto y eran conocidos por sus capacidades de espionaje y por la manera sigilosa y sorpresiva en que asesinaban a sus víctimas.

En cambio los samuráis se utilizaban para misiones que requerían de movimientos rápidos y efectivos, así como también para combates en los que se pudiera usar cualquier arma disponible.

También diferían considerablemente, un samurái, vestía trajes o armaduras de cuerpo completo (hechas de metal). Por su parte los ninjas llevaban como vestuario un ninja-yoroi (Este equipo era todo negro y cubría todo excepto sus ojos).

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